Kantor Imigrasi Kelas III Pamekasan dibentuk berdasarkan Keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor M.HH-03.OT.01.01 Tahun 2011 tentang Pembentukan Kantor Imigrasi Kelas III Pamekasan dan Kantor Imigrasi Kelas III Kediri. Saat ini, Kantor Imigrasi Kelas III Pamekasan beralamat di Jalan Raya Panglegur No. 14 IM Tlanakan Pamekasan, berdiri di atas lahan hak pinjam pakai dari Pemerintah Daerah Pamekasan, eks kantor Dinsosnakertrans Kabupaten Pemekasan. Pegawai yang bertugas untuk pertama kalinya di Kantor Imigrasi Kelas III Pamekasan berjumlah 11 orang dengan perincian 4 pejabat Struktural dan 7 Pegawai Tata Usaha.

Secara Geografis, Kantor Imigrasi Kelas III Pamekasan terletak di Kabupaten Pamekasan Pulau Madura. Pulau Madura memiliki 4 (empat) kabupaten, yakni: Kabupaten Bangkalan, Kabupaten Sampang, Kabupaten Pamekasan, dan Kabupaten Sumenep. Pulau Madura adalah salah satu pulau yang terbesar di Jawa Timur dengan cakupan luas wilayah kurang lebih 5.250 km². Jumlah penduduk Pulau Madura adalah 3.856.278 jiwa. Wilayah Kerja Kantor Imigrasi Kelas III Pamekasan meliputi 4 (empat) kabupaten, yakni :

1. Kabupaten Bangkalan
   
   

   Kabupaten Bangkalan memiliki luas wilayah 1.260,16 Km². Secara geografis, Kab. Bangkalan berada pada 6° sampai dengan 7° Lintang Selatan dan 112º sampai dengan 113° Bujur Timur. Dari sisi administratif pemerintahan, sebelah Utara dibatasi Laut Jawa, sebelah Selatan dan sebelah Barat dibatasi Selat Madura, dan sebelah Timur berbatasan dengan Kabupaten Sampang. Kab. Bangkalan terdiri dari 18 kecamatan.

2. Kabupaten Sampang
   
   

   Kabupaten Sampang memiliki luas wilayah 1.2333,30 Km². Secara geografis berada pada 6° 05’ sampai dengan 7° 13’ Lintang Selatan dan 113° 08’ sampai dengan 113° 39’ Bujur Timur. Dari sisi administratif pemerintahan, sebelah Utara dibatasi Laut Jawa, sebelah Selatan dibatasi Selat Madura, sebelah Barat dibatasi Kabupaten Bangkalan dan sebelah Timur berbatasan dengan Kabupaten Pamekasan. Kab. Sampang terdiri dari 14 kecamatan, 180 desa dan 6 kelurahan.

3. Kabupaten Pamekasan
   
   

   Kabupaten Pamekasan memiliki luas wilayah 792,30 Km². Secara geografis berada pada 6°51’ sampai dengan 7° 31’ Lintang Selatan dan 113° 19’ sampai dengan 113° 58’ Bujur Timur. Dari sisi administratif pemerintahan, sebelah Utara dibatasi Laut Jawa, sebelah Selatan dibatasi Selat Madura, sebelah Barat dibatasi Kabupaten Sampang dan sebelah Timur berbatasan dengan Kabupaten Sumenep. Kab. Pamekasan terdiri dari 13 kecamatan, 178 desa dan 11 kelurahan.

4. Kabupaten Sumenep
   
   

   Kabupaten Sumenep memiliki luas wilayah 2.093,457 Km². Luas daratan 1.146,927 Km² luas pulau 946,530 Km², dan luas perairan ± 50.000 Km². Secara geografis, Kab. Sumenep berada pada 4º55’ sampai dengan 7°24’ Lintang Selatan dan 113°54’ sampai dengan 116°48’ Bujur Timur. Dari sisi administratif pemerintahan, sebelah Utara dibatasi Laut jawa, sebelah Selatan dibatasi Selat Madura, sebelah Barat dibatasi Kabupaten Pamekasan dan sebelah Timur berbatasan dengan Laut Flores, terdiri dari 27 kecamatan (18 kecamatan daratan dan 9 kecamatan kepulauan), 328 desa (242 desa di daratan dan 86 desa di Kepulauan) dan 4 kelurahan.

Wilayah Kerja dengan geografis yang luas dan demografis yang cukup besar tersebut membuat aktivitas pelayanan dan pengawasan keimigrasian semakin dinamis dan kompleks. Seiring dengan perkembangan keadaan dan potensi di wilayah kerja tersebut, Kantor Imigrasi Kelas III Pamekasan senantiasa mengembangkan segala sarana dan prasarana penunjang pelaksanaan tugas dan fungsi keimigrasian dalam rangka mewujudkan good immigration services, baik itu terhadap warga negara Indonesia maupun warga negara asing, dengan tetap mengedepankan aspek keamanan dan penegakan hukum.